Dez anos após o fim da fase Z, Goku está treinando com Ub (reencarnação de Majin Boo) no palácio de Kami-Sama. Pilaf volta a juntar as Esferas do Dragão, mas quando as une, faz um pedido errado para o Dragão Shen Long e acaba transformando Goku em criança novamente.
Goku volta para o Planeta Terra, onde se encontra com uma garota chamada Pan que na realidade e sua neta, filha de Gohan e Videl.
Para poder voltar ao normal, Goku tem que juntar as esferas do Dragão de Estrelas Negras. Estas novas DragonBalls também devem ser unidas dentro de um ano para impedir que a Terra seja destruída por um grande explosão. Essa esferas do contrario das outras, ao invés de se espalhar por toda Terra, se espalham pelo universo.
Junto com Trunks e Pan (sua neta) eles partem para o espaço em busca das sete Esferas. A nave construída por Bulma tem alguns problemas e eles acabam caindo em um planeta desconhecido.
Neste planeta um pequeno robô comedor de metais engole o radar do Dragão que localiza as esferas, e eles são obrigados a levar o robô com eles nessa procura..
Em sua viagem Goku depara com Baby, o ultimo dos Tsufurujins, cujo planeta fora destruído pelos Sayajins quando estes trabalhavam para Freeza. Baby quer vingança e fica atrapalhando a missão dos três.
Baby vai até o planeta Terra e o comquista, transforma Ub em chocolate e apodera-se do corpo de Vegeta, trasnformando-se em BabyVegeta (um gorila grande e poderoso). Goku retorna a e começa uma grande batalha, transforma-se em Super Sayajin 4 e com um golpe tira o rabo do grande gorila.
Vegeta se separa de Baby, que foge em sua nave, mas Goku aplica um Kame-Hame-Há, mandando a nave em direção ao Sol, eliminando Baby.
Como as esferas do Dragão não foram reunidas Goku e os Guerreiros Z levam os habitantes da Terra para outro planeta, mas uma criança acaba ficando. Goku e Picolo voltam para teleporta-la, mas Picolo fica para traz e acaba morendo na explosão.
Goku vai ate o planeta Nameko e restqaura a Terra. Depois disso, tem inicio um novo torneio de artes marciais e mais uma vez MR. Satan e o campeão, pois Ub facilitou a luta para ele.
Enquanto isso no inferno, Dr. Gero e o Dr. Myu criam o Super andróide Numero 17, abrindo uma passagem para a Terra e fazendo com que vários inimigos dos Guerreiros Z retornem.
Goku mais uma vez salva a Terra, derrotando a todos, mas Kulilin morre lutando contra o Numero 17. Nosso herói reúne as esferas do Dragão para ressucitar os amigos mortos. Porem, um Shen Long maligno surge. Ele se divide em sete Dragões Malignos, cada qual relativo a uma das esferas e um elemento da natureza.
Um a um eles são derotados por Goku e Pan, mas o ultimo chamado Li-Shen Long, ficou muito forte depois que roubou as esferas e as absorveu. Goku se torna um Super Sayajin 4 muito diferente dos anteriores; agora ele tem a aparência de um gorila de cabelos pretos e o rabo de Sayajin.
Vegeta faz a fusão com Goku, tornando-se Guijita Super Sayajin 4, mas não e bastante forte para derrotar o Dragão e eles se separam. Goku junta a força de todos os planetas visitados e aplica uma Super Genki Dama, derrotando assim Li-Shen Long.
Depois de juntar as esferas, Goku convence Shen Long a realizar seu desejo e ressucita a todos,. Depois disso, Goku visitas todos os seus amigos voando encima de Shen Long, as esferas entram no corpo de Goku, que se deita nas costas de Shen Long muito feliz e eles somem no horizonte.
Vegeta sabe que é o fim: Goku se foi para sempre.
Anos depois o neto de Pan Goku Jr. Esta lutando em um torneio contra Vegeta Jr.
Quando Pan, já bem velha vê Goku na platéia assistindo ao tetraneto, logo percebe que é o espírito do seu avô olhando com orgulho seu descendente e então desaparece para sempre.